Le vicende architettoniche di Corfù  e, in generale, delle isole del Levante nel Cinquecento costituiscono un momento centrale nel vivace dibattito che si svolse all'interno dei domini da terra  e da mar  della Repubblica intorno alla definizione della struttura difensiva, anticipando l'analoga discussione che coinvolgerà pure Candia .

Significativo è il dibattito che si apre nel 1537 in seguito alla decisione presa dal Senato  della Repubblica di fare di Corfù "la più galiarda fortezza che ai tempi rechiedono". Nei suoi Discorsi militari il capitano generale delle fanterie  Francesco Maria della Rovere ci mostra il contrasto che opponeva la massima carica militare agli ingegneri (e quindi probabilmente al più importante di essi Michele Sanmicheli). Nonostante la "necessità del tempo che stringeva e toglieva la libertà del deliberare" il trattato vuole dimostrare alcuni assunti fondamentali: la superiorità di chi possiede i principi dell'arte militare sui tecnici, la capacità del Capitano generale non solo di gerarchizzare e organizzare dipendenti e attività, ma anche di poter ovviare a ritardi causati da indecisioni dei governanti, di poter rimediare alla lentezza delle delibere che giungevano dal centro, dalla capitale, forse anche a causa della distanza che separava Venezia dai domini marittimi. La questione di Corfù sembra in questo caso sollecitare la soluzione di diffusi problemi di organizzazione delle istituzioni e di chiarimento delle sfere di competenza di Capitani generali, di Provveditori veneziani, di tecnici e delle stesse istituzioni di governo. Così nel 1542 viene istituita la magistratura dei Provveditori sopra fortezze  e un decreto del Senato  del 1550 cercherà di ordinare la rete dei rapporti tra uomini d'arme e rappresentanti politici della Serenissima , istituendo inoltre un archivio dei progetti elaborati dai Provveditori sopra fortezze.