Nel novembre del 1500 una legge del Senato  dichiarava che "nell'Arsenale nostro consiste in buona parte il nostro Stato sì da terra come da mar". Un'altra legge senatoria del 1483 sottolineava come la produzione dell'Arsenale fosse orientata "particolarmente nelle cose da guerra". Fu soltanto con la prima metà del XVI che con tale vocazione si venne ad identificare in maniera definitiva la nota istituzione veneziana. Gli anni '40 del secolo XVI rappresentarono infatti un momento di svolta nell'intera strutturazione del sistema difensivo veneziano.

Nel 1542 si istituì il Magistrato sopra le fortezze , con competenza sulle fortificazioni dei domini marittimi e terrestri e sugli arsenali dei territori da mar della Repubblica.

Tra il 1545 e il 1546 si riformò il sistema di reclutamento degli equipaggi per le galere  veneziane e si decise la costituzione di una flotta permanente di riserva. Soprattutto si istituì una nuova magistratura detta "alla Milizia da Mar" cui si affidarono i compiti di arruolamento delle ciurme, di nomina degli ufficiali e degli ammiragli e di provvedere all'armamento. In tale organo erano presenti 4 componenti del Senato e 16 del Maggior Consiglio , oltre ai componenti delle preesistenti magistrature tecniche e militari -- Provveditori all'armar , Patroni all'Arsenale , Provveditori alle biave , Provveditori sopra l'artiglieria .